BeoNet-Halle sammelt über 50 Variablen aus elektronischen Patientenakten von Haus- und Facharztpraxen. Dabei können Daten aus mehr als 70 verschiedenen Praxissoftwaresystemen exportiert werden. Die Daten werden zunächst aufbereitet, da es einige Unterschiede in Struktur und klinischer Kodierung innerhalb Praxissoftwares gibt. Haus- und Facharztpraxen werden in separate Datenbanken mit Metadaten eingepflegt.